El manga de Rurouni Kenshin está constituido por 28 Tomos y se divide en tres partes, un flash back dentro de la tercera parte y dos mangas especiales, los cuales se describen a continuación:

Primera Parte: Esta etapa comienza con la aparición de Kenshin, diez años después de la Restauración (donde empieza el anime) y termina con la primera pelea entre Kenshin y Aoshi.

Segunda Parte: Se inicia con el viaje de Kenshin a Kyoto y termina luego de la pelea entre Kenshin y Shishio.

Tercera Parte: Se inicia después de la pelea contra Shishio y termina con la batalla entre Kenshin y Enishi y el final de la serie.

Flash back: Dentro de la Tercera Parte Watsuki incluye un enorme flashback de la niñez de Kenshin; el autor en la Saga de Enishi decide poner la explicación de la marca en forma de cruz ; con estos recuerdos que duran 14 capítulos. Aquí es donde se cuenta la vida de Kenshin como Hitokiri Battousai en plena Restauración Meiji, recordemos que inicia con Kenshin siendo niño y llamándose Shinta, esta parte termina con el fin de la Restauración y la desaparición de Hitokiri Battousai.

Manga Especial 1: En este se narra una pequeña aventura de Yahiko, luego de recibir la espada de Kenshin, esto ocurre poco después del final de la serie y fue un tomo especial de Watsuki. El Especial se llama "Yahiko's Sakabatou".

Manga Especial 2: Este narra el reencuentro de los personajes; se llama "El Reencuentro"

El anime y el manga van de la mano hasta el capítulo 62 del anime y el capítulo 151 del manga, es decir, hasta el final de la Saga de Kyoto, a partir de esto, se produce una separación, pues en el anime se desarrollan 4 Sagas creadas por Sony; mientras que en el manga, a partir del Tomo 18, se desarrolla una Saga más, creada por Watsuki, la cual se llama "Saga de la Venganza" o "Saga de Enishi".

Estas son las portadas del manga de rurouni kenshin, la edición mexicana de editorial VID. Haz click en la imagen para ver la versión grande.

Tomo 1	Tomo 2	Tomo 3	Tomo 4
Tomo 5	Tomo 6	Tomo 7	Tomo 8
Tomo 9	Tomo 10	Tomo 11	Tomo 12
Tomo 13	Tomo 14	Tomo 15	Tomo 16
Tomo 17	Tomo 18	Tomo 19	Tomo 20
Tomo 21	Tomo 22	Tomo 23	Tomo 24
Tomo 25	Tomo 26	Tomo 27	Tomo 28